JavaScript で shortcode のｐタグラップを解除するには、JavaScript に shortcode データを渡す必要があります。JavaScript での word count 用に shortcode データが渡ってはいますが、preg_quote（正規表現文字のクオート）されていません。

コード

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// short code データ JavaScript 書き込み
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function hk_editor_admin_footer() {
    global $pagenow;
    if (( $pagenow != 'post.php' ) && ( $pagenow != 'post-new.php' ))    return;
    global $shortcode_tags;
    $tagnames = array_keys( $shortcode_tags );
    $hk_short_code = '';
    foreach ( $tagnames as $tagname ) {
        $code_name = $tagname;
        $code_name = preg_quote( $code_name );
        $hk_short_code .= '"'.$code_name.'",';
    }
    unset( $tagname );
    $hk_short_code = rtrim( $hk_short_code, ',' );
    echo '<script type="text/javascript">'."\n";
    echo '/* <![CDATA[ */'."\n";
    echo 'var hk_short_codes = ['.$hk_short_code.'];'."\n";
    echo '/* ]]> */'."\n";
    echo '</script>'."\n";
    return;
}
add_action( 'admin_footer', 'hk_editor_admin_footer' );

　このプログラムをお使いになる場合は、お使いになる方の自己責任でお願いします。